環境微生物学研究室では、地球生態系（環境）における窒素や二酸化炭素などの物質循環に主体的に関わっている微生物の機能・生理・生態について研究を行っています。特に、硝化作用を担うアンモニア酸化細菌、アンモニア酸化アーキア、亜硝酸酸化細菌について、培養・非培養の両面から、DNAクローニング等をはじめとする分子生物学的手法を用いて解明し、その成果を環境修復や物質生産等へ応用する研究を行なっています。